Klíčovým rozdílem mezi chromatofokusací a izoelektrickou fokusací je, že chromatofokusování je typ metody kolonové chromatografie, která využívá iontoměničové pryskyřice, zatímco izoelektrická fokusace je typ elektroforetické techniky, která využívá imobilizované pH gradientové gely.
Chromatofokusace a izoelektrická fokusace jsou dvě techniky, které oddělují proteiny podle jejich izoelektrických bodů. Chromatofokusace i izoelektrické zaostřování mají velkou rozlišovací schopnost. Chromatofocusing je metoda sloupcové chromatografie s vysokým rozlišením, zatímco izoelektrická fokusace je metoda elektroforetické separace. Kromě toho chromatofokusace nepoužívá elektrické pole, zatímco izoelektrické zaostřování potřebuje elektrické pole.
