Klíčový rozdíl - genotypizace vs. sekvenování
Genotypování a sekvenování jsou dvě techniky prováděné za účelem získání informací o nukleových kyselinách, zejména DNA organismu. Klíčovým rozdílem mezi genotypizací a sekvenováním je, že genotypizace je proces určování, kterou genetickou variantu má jedinec pomocí markerů, zatímco sekvenování je určování správného pořadí nukleotidové sekvence v daném fragmentu DNA.
OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je genotypizace
3. Co je to sekvenování
4. Porovnání vedle sebe - genotypování vs. sekvenování
5. Shrnutí
Co je genotypizace?
Genotypizace je stanovení genetické výbavy jedince pomocí sekvence DNA a markerů a srovnání a identifikace její dědičnosti. Genotypizace je důležitá v evoluční biologii, populační biologii, taxonomii, ekologii a genetice organismů. Může být prováděno různými technikami, včetně sekvenování DNA, polymerázové řetězové reakce, polymorfismu délky restrikčních fragmentů (RFLP), náhodné amplifikované polymorfní detekce, polymorfismu délky amplifikovaného fragmentu (AFLP), DNA čipů atd.
Genotypizace zahrnuje sekvenování konkrétních malých fragmentů sekvencí DNA a zjištění příbuznosti genetického složení s jinými jedinci pomocí genetických markerů. Určuje jednonukleotidové polymorfismy (SNP) mezi jednotlivci nebo specifickými alelami. Genotypizace je použitelná pro širokou škálu organismů včetně lidí. Je také použitelný pro mikroorganismy, jako jsou viry, houby atd., A lze jej použít k určení jejich genetických variant s referenčními profily. V molekulární epidemiologii a forenzní mikrobiologii se kontrola patogenů, zejména mikroorganismů, provádí pomocí informací získaných z genotypizace. Genotypování je při analýze rodokmenu velmi důležité. Lidé mají genotyp pro potvrzení mateřství a otcovství. Genotyp odhalí dominantní a recesivní alely genů, které rozhodují o konkrétních vlastnostech.
Obrázek_1: Genotypování RFLP
Co je to sekvenování?
Sekvenování je proces určování správného pořadí nukleotidů v daném fragmentu DNA nebo RNA. Prakticky všechny informace potřebné pro růst a vývoj organismu jsou kódovány v jeho genomu. Dostupnost technik k produkci a oddělení několika stovek nukleotidových fragmentů nukleových kyselin vedla k vývoji postupů pro stanovení přesné nukleotidové sekvence daného fragmentu DNA nebo RNA. Dnes jsou k dispozici různé typy sekvenčních metod. Tyto metody sekvenování společně s technologiemi pro konstrukci knihoven genomu představujících celý genom organismu usnadňují sekvenování celého genomu daného organismu a provádějí hloubkovou analýzu genových struktur, funkcí genů, umístění genů, genových expresí, genové mapování, genové regulační oblasti atd.
Byly sekvenovány a zmapovány celkové genomy mnoha virů, několika bakterií, archebakterií, kvasinek a několika dalších organismů. Projekt lidského genomu umožnil sekvenovat a zmapovat celý lidský genom a zveřejnit svůj první koncept v roce 2003. Je to významný milník v pokroku biologie. Sekvence lidského genomu se nyní v lékařském sektoru používají k identifikaci genetických příčin vzácných onemocnění, screeningu rizika onemocnění u novorozenců, identifikaci genetických detailů různých druhů rakoviny, vývoji nových terapeutik a vývoji nových diagnostických nástrojů atd.
Ve světě rostlin byl sekvenován genom rýže a genom Arabidopsis. Znalost těchto sekvencí nepochybně převratuje naše chápání fungování buněk a organismů.
Obrázek_2: Autoradiograf sekvenování sangerů
Jaký je rozdíl mezi genotypizací a sekvenováním?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
Genotypizace vs. sekvenování |
|
| Genotypizace je proces určování genetického složení jedince a kontroly skupiny nebo taxonomie daného organismu. | Sekvenování je proces určování přesného pořadí nukleotidů daného fragmentu DNA nebo RNA. |
| Techniky | |
| RFLP, genové sekvenování, PCR, DNA mikročipy, AFLP atd. | Sangerovo sekvenování, Gilbertovo sekvenování, pyrosekvenování, sekvenování nové generace, sekvenování brokovnic atd. |
| Hlavní obavy | |
| To je více znepokojeno tím, zda rozdíly v genotypu dávají skutečné rozdíly v fenotypu. | To se více zajímá o pořadí nukleotidů a jeho rozdíly a změny s jinými organismy. |
Shrnutí - Genotypizace vs. sekvenování
Genotypování a sekvenování jsou užitečné pro studium genetické informace organismů. Genotypizace je proces určování genotypových variací mezi jednotlivci a hledání jejich kategorií. Sekvenování je proces určování správného pořadí nukleotidů v zainteresovaném fragmentu nebo oblasti DNA. Obě techniky poskytují důležité informace o genech a genomech.
