Klíčový rozdíl - AFLP vs RFLP
Studie DNA mají nesmírný význam při porozumění a určování fylogenetických vztahů, diagnostice genetických chorob a mapování genomů organismu. Několik technik spojených s analýzou DNA se také používá k identifikaci konkrétního genu nebo sekvence DNA ve skupině neznámé DNA. Jsou známé jako molekulární markery. Zesílený polymorfismus délky fragmentů (AFLP) a polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP) jsou dva takové molekulární markery (metody) vyvinuté v molekulární biologii k detekci genetických variací mezi organismy. Obě metody jsou stejně důležité a mají výhody i nevýhody. Klíčovým rozdílem mezi AFLP a RFLP je, že AFLP zahrnuje selektivní PCR amplifikaci štěpené DNA, zatímco RFLP nezahrnuje selektivní PCR amplifikaci fragmentů DNA.
OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je AFLP
3. Co je RFLP
4. Porovnání vedle sebe - AFLP vs RFLP
5. Shrnutí
Co je AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) je důležitý nástroj v molekulární biologii a je široce používán v analýze genetických variací. AFLP je založen na specifické PCR amplifikaci fragmentované genomové DNA a detekci polymorfismu autoradiografy pomocí gelové elektroforézy. AFLP široce přispívá k identifikaci genetických rozdílů u kmenů nebo blízce příbuzných druhů různých království, včetně rostlin, zvířat, bakterií a hub. AFLP lze provádět s malým množstvím neznámých vzorků DNA. Nevyžaduje předchozí znalosti sekvence a navrhování sond.
Kroky AFLP
- Izolace DNA
- Trávení DNA restrikčními endonukleázami
- Ligace omezených fragmentů DNA pomocí adaptérů
- Selektivní amplifikace fragmentů se specifickými restrikčními místy
- Separace produktů PCR gelovou elektroforézou
- Vizualizace gelové matrice autoradiografem
AFLP je citlivější a reprodukovatelnější metoda, kterou lze použít k profilování DNA několika taxonů včetně hub, bakterií, rostlin a zvířat bez předchozí znalosti sekvencí DNA. Pomáhá při identifikaci drobných rozdílů mezi jednotlivci v populacích kvůli jeho vysoce citlivé povaze. AFLP je také důležitý v mapování genomu, forenzních studiích, rodičovských testech, genotypizaci atd.
Obrázek 01: AFLP
Co je to RFLP?
Polymorfismy s délkou restrikčních fragmentů (RFLP) je technika, která se používá k detekci genetických variací v homologních sekvencích DNA. Je to první metoda vyvinutá pro profilování DNA. Organismy mají jedinečné otisky prstů DNA nebo profily DNA. RFLP slouží jako důležitý nástroj pro analýzu variací mezi profily DNA intraspecifických nebo blízce příbuzných organismů, protože homologní sekvence mají různá restrikční místa (místa), která jsou pro konkrétní organismus jedinečná. Když je homologní DNA štěpena specifickými restrikčními endonukleázami, bude to mít za následek odlišné profily DNA, které jsou pro každého jedince jedinečné. Proto,Principem této metody je detekce genetických variací mezi organismy restrikcí homologní DNA specifickými restrikčními enzymy a analýza polymorfismu délky fragmentu gelovou elektroforézou a blotováním. Blotovací vzorce jsou pro každý organismus jedinečné a charakterizují konkrétní genotypy.
Kroky RFLP
- Izolace dostatečného množství DNA ze vzorků
- Fragmentace vzorků DNA se specifickými restrikčními endonukleázami do krátké sekvence
- Separace výsledných fragmentů různé délky elektroforézou na agarózovém gelu.
- Přenos gelového profilu na membránu Southern blotováním
- Hybridizace membrány se značenými sondami a analýza polymorfismu délky fragmentu v každém profilu
RFLP je velmi důležitá technika při zjišťování dědičnosti nemoci a zjišťování rizika výskytu choroby mezi členy rodiny. RFLP se také často používá při mapování genomu, identifikaci zločinců ve forenzní oblasti, testování otcovství atd. RFLP má také několik omezení. RFLP vyžaduje předchozí znalost sekvenčních dat pro návrh sond pro hybridizaci. Vyžaduje také izolaci dostatečného množství DNA ze vzorku k analýze, což je u forenzních studií obtížné.
Obrázek 01: Mapování RRFLP
Jaký je rozdíl mezi AFLP a RFLP?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP zahrnuje selektivní PCR amplifikaci štěpené DNA. | RFLP nezahrnuje PCR, pokud to není PCR-RFLP. |
| Posloupnost znalostí | |
| Předchozí znalost sekvence není nutná. | U navržených sond RFLP je nutná předchozí znalost sekvence. |
| Spolehlivost | |
| To je spolehlivější. | To je méně spolehlivé ve srovnání s AFLP. |
| Účinnost při detekci polymorfismu | |
| To má vyšší účinnost při detekci polymorfismu než RFLP. | To je ve srovnání s AFLP méně efektivní. |
| Náklady | |
| To je ve srovnání s RFLP trochu drahé. | To je levnější ve srovnání s AFLP. |
| Aplikace | |
| AFLP byly použity pro mapování genomu, otisky prstů DNA, studie genetické rozmanitosti, testování otcovství a forenzní | Analýza RFLP je důležitým nástrojem při mapování genomu, lokalizaci genů pro genetické poruchy, určování rizika onemocnění a testování otcovství. |
Shrnutí - AFLP vs RFLP
AFLP a RFLP jsou dvě techniky používané jako genetické markery pro hodnocení rozmanitosti a hodnocení genetických vztahů v molekulární biologii. AFLP slouží jako účinná a citlivá metoda pro detekci genetického polymorfismu mezi organismy než RFLP. Přestože obě tyto metody mají odlišnou účinnost při detekci genetických variací, stále se používají pro otisky prstů DNA a diagnostiku nemoci.
