Klíčovým rozdílem mezi aerobními a anaerobními mikroorganismy je potřeba kyslíku pro přežití aerobních mikroorganismů, zatímco to není pro anaerobní mikroorganismy. To znamená, že aerobní mikroorganismy vyžadují kyslík jako svůj konečný akceptor elektronů během aerobního dýchání, zatímco anaerobní mikroorganismy nevyžadují kyslík pro své buněčné dýchání.
Odpověď na kyslík je základem pro klasifikaci mikroorganismů jako aerobních a anaerobních. Z tohoto důvodu mají tyto mikroorganismy odlišné vlastnosti, aby mohly vykonávat své funkce během buněčného dýchání. Proto aerobní mikroby procházejí aerobním dýcháním, zatímco anaerobní mikroby procházejí anaerobním dýcháním.
