Klíčovým rozdílem mezi souborovým systémem a databází je, že souborový systém spravuje pouze fyzický přístup, zatímco databáze spravuje fyzický i logický přístup k datům.
Databáze a souborový systém jsou dvě metody, které pomáhají ukládat, načítat, spravovat a manipulovat s daty. Oba systémy umožňují uživateli pracovat s daty podobně. Souborový systém je kolekce souborů nezpracovaných dat uložených na pevném disku, zatímco databáze je určena pro snadnou organizaci, ukládání a načítání velkého množství dat. Jinými slovy, databáze obsahuje svazek organizovaných dat typicky v digitální podobě pro jednoho nebo více uživatelů. Zkratka z databáze je DB. Je možné klasifikovat DB podle jejich obsahu, jako je dokument-text, bibliografické a statistické údaje. Je důležité si uvědomit, že i v databázi jsou data nakonec nebo fyzicky uložena v některých souborech.
