Klíčový rozdíl mezi genetickou mapou a fyzickou mapou je v technikách používaných při mapování genomu. Při generování genetické mapy se ke studiu vzorů genových vazeb používají genetické markery a genetické lokusy, zatímco fyzické mapování využívá techniky molekulární biologie, jako je například polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP) a hybridizace.
Genetické mapy a fyzické mapy mapují dva typy map, které vytvářejí geny umístěné v chromozomech. Zahrnují genetickou diagnostiku a předpovídají vývoj týkající se analýzy genomu. Dále se používají k analýze vzdáleností mezi genovými lokusy ak analýze genových polymorfismů.
