Klíčovým rozdílem mezi genetickou vzdáleností a fyzickou vzdáleností je typ sekvence použitý při analýze vzdálenosti mezi dvěma populacemi stejného druhu. Genetická vzdálenost měří genetickou divergenci mezi druhy nebo mezi populacemi v rámci druhu, zatímco fyzická vzdálenost měří počet nukleotidů mezi těmito dvěma markery.
Genetická vzdálenost a fyzická vzdálenost poskytují pohled na evoluční vztahy mezi dvěma populacemi druhu. Mapy vzdálenosti proto poskytují propojení populací na základě genetických dat. Sekvenování genomu a analýza bioinformatiky hrají důležitou roli při určování genetických i fyzických vzdáleností.
