Klíčovým rozdílem mezi substrátem a aktivním místem je to, že substrát je chemická sloučenina, která může podstoupit chemickou reakci, zatímco aktivní místo je specifická oblast na enzymu.
Enzymy jsou biologické katalyzátory. Jedná se o proteiny, které mohou snížit aktivační energii chemické reakce, aby se snížila energetická bariéra této reakce. Proto může zvýšit rychlost reakce. Reaktant reakce, do které jsou zapojeny enzymy, je „substrát“. Tento substrát se váže na aktivní místo enzymu. Reakce probíhají tam. Nakonec uvolní produkty reakce.