Klíčovým rozdílem mezi endopeptidázou a exopeptidázou je, že endopeptidáza rozbíjí peptidové vazby v molekulách proteinu, zatímco exopeptidáza štěpí peptidové vazby na koncích molekul proteinu.
Proteiny jsou důležité makromolekuly, které jsou nezbytné pro většinu biochemických reakcí probíhajících ve všech organismech. Různé aminokyseliny se spojují a tvoří tyto bílkoviny. Enzymy dále katalyzují hydrolýzu proteinů zpět na aminokyseliny. Jsou to specifické enzymy nazývané proteázy nebo peptidázy. Proto mají schopnost rozkládat peptidové řetězce proteinů na aminokyseliny. Kromě toho mohou být peptidázy endopeptidázy nebo exopeptidázy.
