Klíčovým rozdílem mezi fermentací a dýcháním je, že k fermentaci dochází v nepřítomnosti kyslíku, zatímco dýchání potřebuje kyslík.
Organismy vyžadují energii k vykonávání buněčných činností. Proto generují energetické molekuly ve formě ATP. Používají různé substráty a rozkládají se do různých forem a uvolňující energie se přeměňuje na energetické molekuly, které mohou buňky využít. Glukóza je primárním substrátem mnoha organismů. Fermentace a dýchání jsou dva buněčné procesy, které generují energii štěpením glukózy několika kroky. Dýchání je však účinnější a produkuje více molekul ATP než fermentace.
