Klíčovým rozdílem mezi zooplanktonem a fytoplanktonem je to, že zooplankton je heterotrofní nefotosyntetizující plankton, který je buď prvoky, nebo živočichy, zatímco fytoplankton je autotrofní fotosyntetický plankton, který je buď rozsivkou, sinicemi nebo řasami.
Planktony jsou drobné organismy, které žijí a vznášejí se v oceánech, mořích nebo sladkovodních útvarech. Většina z nich je mikroskopická a jsou důležitým zdrojem potravy pro větší zvířata. Existují dva hlavní typy planktonů, jmenovitě zooplankton a fytoplankton. Zooplanktony jsou heterotrofní a zahrnují zvířata, která nejsou schopna fotosyntézy. Na druhou stranu je fytoplankton fotosyntetický plankton, který je autotrofní. Kromě toho fytoplanktony ukládají energii pomocí fotosyntézy a živí se nimi zooplankton a nekton (zvířata s velkým tělem, která se aktivně pohybují ve vodním sloupci). Lidé a další predátoři se ve velkém měřítku živí nektonem a některými většími zooplanktony. Lidské činnosti, jako je znečištění životního prostředí, také do značné míry negativně ovlivňují tento energetický tok, který začíná fytoplanktonem.
