Klíčovým rozdílem mezi epistatickým genem a hypostatickým genem je, že epistatický gen je gen, který ovlivňuje expresi jiného genu na jiném místě, zatímco hypostatický gen je gen, který podléhá interferenci epistatického genu.
Některé geny závisí na jejich expresi na jiných n alelických genech. Epistáza je forma genové interakce, při které jeden gen interferuje nebo maskuje expresi jiného genu umístěného v jiném místě. Jedná se tedy o druh nealelické genové interakce. V této speciální genové interakci interagují dva geny, a to epistatický gen a hypostatický gen. Gen, který maskuje expresi jiného genu, je tedy znám jako epistatický gen, zatímco gen, jehož exprese je ovlivněna, je znám jako hypostatický gen.
