Klíčový rozdíl mezi alogenní a autologní transplantací závisí na zdroji kmenových buněk pro transplantaci. Alogenní transplantace využívá nové kmenové buňky od jiného dárce, zatímco autologní transplantace využívá vlastní kmenové buňky pacienta.
Kmenové buňky jsou nediferencované buňky, které se mohou dělit a diferencovat na různé jiné typy buněk. V důsledku toho mají tyto buňky schopnost samoobnovy. Proto jsou základem pro naše orgány a tkáně. Kromě toho fungují jako opravný systém našeho těla. Vzhledem k tomu, že kmenové buňky jsou schopné produkovat více dceřiných buněk stejného typu nebo se diferencují na specifické typy buněk, používají se při terapii kmenovými buňkami k nahrazení nefunkčních nebo nemocných tkání zdravými tkáněmi. Terapie kmenovými buňkami může být buď alogenní, nebo autologní. Záleží na nových kmenových buňkách použitých k nahrazení tkáně při transplantaci. Pokud je při léčbě kmenovými buňkami použito kmenových buněk pacientovo vlastní, je to známé jako autologní transplantace. Pokud však pochází od jiného dárce, nazývá se to alogenní transplantace.
