Klíčovým rozdílem mezi bodovou mutací a chromozomální mutací je to, že bodová mutace je mutace v malém měřítku, ve které se mění jeden pár bází sekvence DNA nebo RNA, zatímco chromozomální mutace je mutace ve velkém měřítku, ve které se mění struktura chromozomu.
Mutace je změna nebo změna v nukleotidové sekvenci DNA nebo RNA. Mutace jsou hlavní příčinou genetické variability mezi organismy. Mutace se vyskytují v somatických buňkách i v buňkách zárodečné linie. Některé mutace zdědí příští generace, zatímco jiné nejsou dědičné. Somatické mutace ovlivňují současný organismus, zatímco zárodečné mutace se přenášejí do další generace. Bodová mutace a chromozomální mutace jsou dva běžné typy mutací. Bodové mutace jsou nejjednodušší typ mutací, které vznikají v důsledku změny jedné základní dvojice. Na druhou stranu, chromozomální mutace jsou změny ve velkém měřítku, ve kterých se mění struktura nebo počet chromozomů v organismu.