Klíčovým rozdílem mezi protonem a elektronem je, že proton je subatomární částice nacházející se v jádru atomu, zatímco elektrony jsou částice obíhající kolem jádra.
Atomy jsou stavebními kameny všech existujících látek. Atom obsahuje jádro, které má protony a neutrony. Elektrony krouží kolem jádra na orbitálech. Kromě toho jsou v jádru další malé subatomární částice. Většina prostoru v atomu je prázdná. Atraktivní síly mezi kladně nabitým jádrem (kladný náboj v důsledku protonů) a záporně nabitými elektrony udržují tvar atomu.
