Klíčovým rozdílem mezi Krebsovým cyklem a glykolýzou je, že Krebsův cyklus, který se odehrává v mitochondriích, je druhou fází buněčné dýchání, zatímco glykolýza, která probíhá v cytoplazmě, je první fází buněčné dýchání.
Krebsův cyklus a glykolýza jsou dva hlavní stupně buněčného dýchání, které produkuje energii v buňkách. Oba procesy se vyskytují v různých buněčných polohách. Kromě toho používají různé enzymatické reakce za účelem přeměny různých výchozích materiálů na různé produkty. Kromě toho tyto dva procesy vytvářejí různá množství ATP. Při aerobním dýchání následuje Krebsův cyklus po glykolýze. Ale v anaerobním dýchání probíhá glykolýza sama.