Klíčovým rozdílem mezi parazitickými kořeny a mykorhizami je to, že parazitické kořeny jsou kořeny nefotosyntetických parazitických rostlin, zatímco mykorhizy jsou druhem vzájemné asociace, která existuje mezi kořeny fotosyntetické vyšší rostliny a houby.
Parazitismus a vzájemnost jsou dvě symbiotická sdružení existující mezi dvěma různými druhy, které žijí společně. Parazitismus je prospěšný pouze pro parazita, protože parazit získává jídlo a další požadavky od hostitele, zatímco mu škodí. Na druhou stranu, vzájemnost přináší výhody oběma partnerům, kteří jsou ve sdružení. Mykorhizy jsou typem vzájemné asociace vyskytující se mezi vyšší rostlinou a houbou. Houba žije v kořenech vyšších rostlin. Vyšší rostliny poskytují houbě potravu, zatímco houba absorbuje vodu a živiny z půdy do rostliny.
