Klíčovým rozdílem mezi lišejníky a mykorhizami je to, že lišejník je vzájemná asociace, která existuje mezi řasami / sinicemi a houbou, zatímco mykorhiza je druh vzájemné asociace vyskytující se mezi kořeny vyšší rostliny a houbou.
Mutualismus je jedním ze tří typů symbiózy, ke které dochází mezi dvěma různými druhy organismů. Na rozdíl od ostatních dvou typů je vzájemnost výhodná pro oba partnery, kteří jsou v asociaci. Lichen a mycorrhizae jsou dva běžné příklady vzájemných asociací. Oba jsou ekologicky důležité vztahy. Dvě strany lišejníků jsou řasy nebo sinice a houba. Na druhé straně, dvě strany mycorrhizae jsou kořeny vyšší rostliny a houby.
