Klíčovým rozdílem mezi antigenem a patogenem je, že antigen je cizí látka, toxin nebo molekula, která může stimulovat imunitní odpověď za účelem tvorby protilátek proti němu, zatímco patogen je organismus, zejména mikrob, který infikuje naše tělo a způsobuje nemoci.
Patogeny jsou jakékoli cizí organismy, které způsobují nemoci v hostitelských rostlinách a zvířatech. Antigen je molekula umístěná v buněčné stěně bakterií nebo v povlaku organismů. Antigen způsobuje, že náš imunitní systém vytváří protilátky proti němu a chrání naše tělo před škodlivými cizími organismy.
