Klíčovým rozdílem mezi O a H antigenem je to, že O antigen je nejvzdálenější část povrchu bakterií, zatímco H antigen je štíhlá nitovitá struktura, která je součástí bičíků.
Antigeny jsou místa molekulárního rozpoznávání přítomná v mnoha bakteriích, houbách, virech, prachových částicích a jiných buněčných a nebuněčných částicích, které by hostitelský imunitní systém rozpoznal. Obecně je většina antigenů přítomna na povrchu buněk. Antigeny strukturně mohou být proteiny, aminokyseliny, lipidy, glykolipidy nebo glykoproteiny nebo markery nukleových kyselin. Tyto molekuly mají specifickou schopnost vyvolat imunitní reakci v hostiteli. Tato imunitní reakce je vyvolána spuštěním produkce protilátek jako odpovídající výsledek.
Antigeny se obecně používají v systému identifikace sérotypu bakterií. Salmonella je bakteriální rod, který má mnoho sérotypů. Sérotypy jsou skupiny mikroorganismů ve stejném druhu. Tyto sérotypy lze rozlišit pomocí kombinace O antigenu a H antigenu. O antigen je postranní řetězec LPS, zatímco H antigen je součástí bičíku.
