Klíčovým rozdílem mezi pozitivní a negativní ionizací v hmotnostní spektrometrii je to, že pozitivní ionizace tvoří kladně nabité ionty, zatímco záporná ionizace tvoří záporně nabité ionty.
Hmotnostní spektrometrie nebo MS je technika v analytické chemii, která měří poměr hmotnosti k náboji iontů. Konečným výsledkem této techniky je hmotnostní spektrum, které se jeví jako graf intenzity. Dále je tento graf vykreslen jako funkce poměru hmotnosti k náboji. Pro hmotnostní spektrometrii je nástrojem, který používáme, hmotnostní spektrometr. Když zavedeme náš vzorek do tohoto přístroje, molekuly vzorku podstoupí ionizaci. Zde je výběr správné ionizační techniky velmi důležitý, protože má velký dopad na konečný výsledek. Použijeme-li reagenční plyn, např. Amoniak, způsobí to ionizaci molekul vzorku tak, že podle nastavení přístroje vzniknou buď pouze pozitivní ionty, nebo pouze negativní ionty.
