Klíčový rozdíl mezi endogenními a exogenními antigeny spočívá v tom, že endogenní antigen je generován v buňkách, zatímco exogenní antigen vstupuje do těla zvenčí.
Antigen je molekula nebo látka, která reaguje na produkt specifické imunitní odpovědi a stimuluje tvorbu protilátek. Antigenicitou dané molekuly je schopnost antigenu indukovat produkci protilátek. Antigeny také mohou být buď protein nebo polysacharid. Kromě toho buňky prezentující antigen (APC), jako jsou dendritické buňky, zprostředkovávají procesy absorpce antigenu, zpracování antigenu a prezentace antigenu. Kromě toho v závislosti na imunitní aktivitě mohou být antigeny klasifikovány jako imunogeny, tolerogeny nebo alergeny. Kromě toho můžeme také klasifikovat antigeny podle jejich původu jako exogenní nebo endogenní.