Klíčovým rozdílem mezi vaječníkem a vajíčkem je to, že vaječník je součástí ženské reprodukční struktury, která se vyvine do plodu kvetoucích rostlin, zatímco vajíčko je struktura, která se vyvine do semene semenných rostlin.
Květina je reprodukční strukturou kvetoucích rostlin. Některé květiny jsou dokonalé, jiné jsou nedokonalé. Dokonalé květiny obsahují jak mužskou, tak ženskou reprodukční část jako androecium a gynoecium. Gynecium má tři hlavní složky, a to stigma, styl a vaječníky. V souladu s tím je vaječník strukturou, která obsahuje vajíčka. Najdeme ho na základně gynoecia. Ovule jsou tedy struktury, které nesou ženské reprodukční buňky nebo vaječné buňky. Vaječník obklopuje vajíčka v květu. Jeden vaječník může obsahovat mnoho vajíček, ale jeden vajíčko často obsahuje jednu vaječnou buňku (ženská gameta). Po oplodnění se z vaječníku a vajíčka vyvinou různé struktury plodu.
