Klíčový rozdíl mezi modrozelenými řasami a zelenými řasami spočívá v tom, že modrozelené řasy jsou prokaryotické organismy, které patří do Kingdom Monera, zatímco zelené řasy jsou eukaryotické organismy, které patří do Kingdom Protista.
Fotosyntéza je proces, který ukazují fotoautotrofy. Jedná se o proces, který syntetizuje sacharidy (potraviny) tím, že zachycuje energii ze slunečního záření. Proces vyžaduje přítomnost fotosyntetických pigmentů, CO 2 a vody. Fotoautotrofy vlastní fotosyntetické pigmenty pro provádění fotosyntézy. Existují tři hlavní skupiny fotoautotrofů, jako jsou rostliny, sinice (modrozelené řasy) a řasy (včetně zelených řas). Proto jsou modrozelené řasy i zelené řasy fotosyntetickými organismy. Modrozelené řasy jsou však prokaryotické organismy, zatímco zelené řasy jsou eukaryotické organismy. V souladu s tím existuje rozdíl mezi modrozelenými řasami a zelenými řasami na základě jejich buněčné organizace a dalších charakteristik.
