Klíčovým rozdílem mezi kořenovými a stonkovými vlasy je to, že kořenové vlasy jsou jednobuněčnou strukturou vyvinutou jako výrůstek epidermis, zatímco kmenové vlasy jsou mnohobuněčnou strukturou, která není výrůstkem epidermis.
Kořen a stonek jsou dvě hlavní části rostliny. Stonek existuje nad povrchem půdy, zatímco kořen existuje v půdě. Stonky rostou vzpřímeně, zatímco kořeny rostou směrem k půdě. Stopka tedy vykazuje pozitivní fototropní pohyby, zatímco kořen vykazuje pozitivní geotropní pohyby. Stonky mají stonkové chloupky, což jsou mnohobuněčné struktury. Podobně kořeny mají kořenové chloupky, které jsou jednobuněčnými strukturami. Strukturálně jsou kmenové chloupky dalšími buňkami, zatímco kořenové chloupky jsou výrůstky epidermis. Podobně existuje mnoho dalších rozdílů mezi kořenovými a stonkovými vlasy, o kterých budeme diskutovat v tomto článku.