Hlavní rozdíl mezi DNA vakcínou a rekombinantní vakcínou závisí na přípravě vakcín. Příprava DNA vakcíny probíhá za použití požadovaných genů nebo fragmentů DNA, zatímco příprava rekombinantní vakcíny probíhá za použití rekombinantní molekuly nebo vektoru obsahujícího požadovaný genový fragment.
Očkování lze použít jako profylaktické léčebné metody i jako terapeutická činidla proti infekci. Existuje mnoho forem očkování. DNA a rekombinantní vakcíny jsou nejnovějšími formami. Tyto vakcíny jsou navíc stále předmětem výzkumu.