Klíčovým rozdílem mezi komplementací a rekombinací je, že komplementací je schopnost dvou mutantů v kombinaci obnovit normální fenotyp, zatímco rekombinací je výměna genetického materiálu mezi chromozomy, což vede k fyzickým změnám v chromozomech.
Komplementace a rekombinace jsou dva koncepty, které produkují geneticky odlišné organismy. Komplementace obnovuje normální fenotyp, když se dva mutanti spojí, zatímco rekombinace vede k organismu se změněnou genetickou výbavou v důsledku výměny genetického materiálu mezi organismy.