Klíčovým rozdílem mezi primárními a sekundárními metabolity je, že primární metabolity jsou konečné produkty metabolismu, které se přímo účastní normálního růstu, vývoje a reprodukce organismu, zatímco sekundární metabolity jsou metabolity, které se přímo nepodílejí na normálním růstu, vývoji a reprodukci organismus.
Metabolity se podílejí na růstu organismů procesem metabolismu. Metabolismus je souhrn všech biochemických reakcí vyskytujících se v organismu. Existují dvě hlavní kategorie metabolitů v závislosti na původu a funkci. Jsou to primární metabolity a sekundární metabolity.