Klíčovým rozdílem mezi anatomickým a fyziologickým mrtvým prostorem je to, že anatomický mrtvý prostor označuje objem vzduchu, který vyplňuje vodivou zónu dýchání tvořenou nosem, průdušnicí a průduškami, aniž by pronikl do oblastí výměny plynů v plicích. Mezitím se fyziologický mrtvý prostor vztahuje k anatomickému mrtvému prostoru spolu s částí vzduchu, která dosáhne oblastí výměny plynů v plicích, ale neúčastní se výměny plynů (alveolární mrtvý prostor).
Mrtvý prostor plic je objem odvětrávaného vzduchu, který nepodléhá výměně plynů. Mrtvý prostor je tedy část každého dechového objemu, která se neúčastní výměny plynů. Existují dva způsoby, jak popsat mrtvý prostor plic. Jsou to anatomický mrtvý prostor a fyziologický mrtvý prostor. Anatomický mrtvý prostor popisuje objem vzduchu, který neproniká do oblastí výměny plynů v plicích, zatímco fyziologický mrtvý prostor popisuje anatomický mrtvý prostor plus objem vzduchu, který proniká do oblastí výměny plynů, ale nepodléhá výměně plynů.
U zdravého jedince jsou obě hodnoty zhruba stejné. Ale za chorobného stavu může být fyziologický mrtvý prostor podstatně větší než anatomický mrtvý prostor. Ve srovnání s anatomickým mrtvým prostorem je tedy fyziologický mrtvý prostor klinicky významný.
