Klíčovým rozdílem mezi párováním bází Watson a Crick a Hoogsteen je to, že párování bází Watson a Crick je standardní způsob, který popisuje tvorbu párů bází mezi puriny a pyrimidiny. Mezitím je Hoogsteenovo párování bází alternativním způsobem vytváření párů bází, ve kterých purin získává odlišnou konformaci vzhledem k pyrimidinu.
Nukleotid má tři složky: dusíkatou bázi, pentózový cukr a fosfátovou skupinu. Ve struktuře DNA a RNA je zahrnuto pět různých dusíkatých bází a dva pentózové cukry. Když tyto nukleotidy tvoří nukleotidovou sekvenci, komplementární báze, buď puriny nebo pyrimidiny, tvoří mezi nimi vodíkové vazby. Toto se nazývá párování bází. Proto je pár bází vytvořen spojením dvou dusíkatých bází vodíkovými vazbami. Watsonovo a Crickovo párování bází je klasický nebo standardní přístup, zatímco Hoogsteenovo párování bází je alternativní způsob vytváření párů bází.
