Klíčovým rozdílem mezi hnRNA a mRNA je, že hnRNA je nezpracovaný předčasný přepis mRNA, který obsahuje introny, zatímco mRNA je zpracovaná RNA, která neobsahuje introny.
Existují různé typy RNA a hnRNA a mRNA jsou dva typy. Heterogenní jaderná RNA, známá také jako pre-mRNA, je typ primárního transkriptu produkovaného uvnitř jádra. Jakmile je pre-mRNA vyrobena, je post-transkripčně zpracována na funkční mRNA, která může být přeložena na protein v cytoplazmě. Proto je hnRNA syntetizována z templátu DNA a je to nově vytvořená RNA před zpracováním. mRNA je sekvence RNA, která nese genetickou informaci k produkci proteinu. Je to forma RNA po zpracování. Kromě toho mRNA nese genetické kodony z DNA v jádře do ribozomů pro syntézu proteinů.
