Klíčovým rozdílem mezi molekulárním dockováním a skórováním je to, že docking je technika používaná ke stanovení vazebné afinity mezi dvěma molekulami, zatímco skórování je proces hodnocení konkrétní pozice spočítáním počtu příznivých mezimolekulárních interakcí.
Termíny molekulární dokování a skórování se používají v oblasti molekulárního modelování. Molekulární modelování je technika používaná ke stanovení možného uspořádání různých molekul v dané látce. Tato technika je důležitá při vytváření nových stabilních sloučenin.
