Klíčovým rozdílem mezi prokaryotickou a eukaryotickou topoizomerázou je buněčný původ topoizomerázy. Prokaryotické topoizomerázy jsou přítomny v buňkách prokaryotického buněčného původu, zatímco eukaryotické topoizomerázy jsou přítomny v organismech s eukaryotickým buněčným původem. Kromě toho se také liší v distribuci. Prokaryotické topoizomerázy jsou přítomny v cytoplazmě buňky, zatímco eukaryotické topoizomerázy jsou distribuovány v jádru.
Izomeráza je skupina enzymů, které katalyzují strukturní přeskupení molekul. Topoizomeráza je jeden typ izomeráz. Upravuje topologii molekuly DNA regulací nadzávitnice DNA. Řezá a uzavírá jeden nebo oba řetězce duplexu DNA. Proto je DNA schopna podstoupit replikaci, transkripci, opravu a chromozomální segregaci. Existují dva typy topoizomeráz, jmenovitě topoizomeráza I a II.
