Klíčovým rozdílem mezi homologií a podobností v bioinformatice je, že homologie odkazuje na výrok o společném evolučním původu dvou sekvencí, zatímco podobnost odkazuje na stupeň podobnosti mezi dvěma sekvencemi.
Bioinformatika je vědní obor, který kombinuje biologii, informační inženýrství, informatiku, matematiku a statistiku k analýze a interpretaci biologických dat. Homologie a podobnost jsou dva termíny, které používáme v oblasti bioinformatiky. Můžeme snadno vypočítat podobnost jako procento podobných zbytků po danou délku zarovnání. Nemůžeme však vypočítat homologii, protože může být pravdivá nebo nepravdivá a obvykle závisí na použité hypotéze.