Klíčový rozdíl mezi testováním DNA z matčiny a otcovské strany závisí na typu zdroje DNA použitém při postupu testování. Testování mateřské DNA využívá mitochondriální DNA k získání mateřského původu, zatímco testování otcovské DNA využívá Y-DNA k získání otcovského původu.
Určení původu u mužů i žen je důležité pro stanovení rodinných vztahů. Testy DNA z matčiny a otcovské strany navíc určují totožnost jednotlivců. Některé z molekulárních technik použitých v této analýze jsou otisky prstů DNA, analýza krátkých tandemových opakování a polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP).
