Klíčovým rozdílem mezi hemocyaninem a hemoglobinem je to, že hemocyanin je extracelulární respirační pigment obsahující měď přítomný v krvi některých bezobratlých, zatímco hemoglobin je intracelulární respirační pigment obsahující železo přítomný v krvi obratlovců.
U aerobních organismů dochází k výměně plynů prostřednictvím metaloproteinů přítomných v krvi. Proto jsou hemocyanin a hemoglobin dva metaloproteiny, které usnadňují výměnu plynů u bezobratlých zvířat a obratlovců. Hemocyanin je respirační pigment obsahující měď, který se nachází suspendovaný v hemolymfě bezobratlých. Naproti tomu hemoglobin je respirační pigment obsahující železo, který je vázán na červené krvinky obratlovců. Okysličená forma hemocyaninu má modrou barvu. Okysličená forma hemoglobinu má ale jasně červenou barvu.
