Klíčový rozdíl - T4 vs T7 DNA ligáza
DNA ligáza je důležitý enzym používaný v technikách molekulární biologie. Funguje jako molekulární lepidlo, které spojuje nukleotidy tvorbou fosfodiesterových vazeb mezi nukleotidy. Fosfodiesterové vazby se tvoří mezi 3 'hydroxylovým koncem cukerné skupiny a 5' koncem fosfátové skupiny. DNA ligáza je v procesu replikace životně důležitá pro připojení k Okazaki fragmentům zaostávajícího řetězce a během mechanismů opravy DNA a in vitro klonovacích experimentů pro připojení požadovaného požadovaného genu k vektorovému genomu. V současnosti molekulární biologové používají dvě hlavní DNA ligázy: DNA ligázy T4 a T7. T4 DNA ligáza je jedním z prvních enzymů, které se izolují z bakteriofága T4. T7 DNA ligáza, což je menší protein, je enzym izolovaný z bakteriofága T7. To je klíčový rozdíl mezi T4 a T7 DNA ligázami.
OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Jaký je účinek DNA ligázy
3. Co je T4 DNA ligáza
4. Co je T7 DNA ligáza
4. Podobnosti mezi T4 a T7 DNA ligázou
5. Porovnání vedle sebe - T4 vs. T7 DNA ligáza ve formě tabulky
6. Shrnutí
Jaká je akce DNA ligázy?
K ligaci DNA dochází ve třístupňové reakci. Prvním krokem je nukleofilní útok na alfa-fosfor ATP za vzniku kovalentního enzym-adenylátového meziproduktu, ve kterém je AMP navázán na dusík terminálního postranního řetězce lysinu. Ve druhém kroku dochází k nukleofilnímu napadení fosforu enzymu-adenylátu 5'-fosfátem zakončeným DNA substrátem, uvolněním lysinu a tvorbou DNA-adenylátu. V posledním kroku je DNA-adenylát napaden 3'-OH jiného řetězce DNA, uvolněním AMP a připojením k polynukleotidům.
Co je T4 DNA ligáza?
T4 ligáza byla první ligázou, která byla izolována a identifikována Meselsonem, Weigle a Kellenbergerem, a byla vůbec první vyráběnou ligázou. T4 DNA ligáza je enzym závislý na ATP, který katalyzuje tvorbu fosfodiesterové vazby. Jedná se o jediný polypeptidový řetězec s 487 aminokyselinovými zbytky a má molekulovou hmotnost přibližně 77 kDa. Optimální pH pro jeho aktivitu leží v rozmezí 7,5 - 8.
Obrázek 01: T4 DNA ligáza
T4 DNA ligáza, jak naznačuje její název, je přítomna v bakteriofágu T4 a byla izolována, když fág produkoval enzym po infekci E. coli. Enzym liguje dvouvláknové DNA duplexy s tupými konci a fragmenty, které mají být navázány, by měly být v těsné vzájemné blízkosti.
Co je T7 DNA ligáza?
T7 ligáza je 41 kDa protein produkovaný T7 bakteriofágem a je izolován infikováním buněk E. coli. Hlavní funkcí T7 ligázy je ligovat duplexy DNA prostřednictvím fosfodiesterových vazeb a spojit blízké fragmenty DNA během klonovacích experimentů. Optimální pH pro T7 DNA ligázu je v rozmezí 7,0 - 7,2. T7 ligáza je závislá na ATP. T7 DNA ligázy jsou také schopné hybridizovat DNA a RNA hybridy, což vede k abnormálním konformacím během transkripce; tento fenomén je však stále předmětem výzkumu in vitro studií.
Jaké jsou podobnosti mezi DNA ligázou T4 a T7?
- T4 a T7 DNA ligáza se účastní ligační reakce žíháním DNA duplexů tvorbou fosfodiesterové vazby mezi 3 'OH koncem a 5' fosfátovým koncem fragmentu DNA.
- Oba enzymy ligují tupě zakončené duplexy DNA, které jsou v těsné vzájemné blízkosti.
- Oba enzymy jsou závislé na ATP.
- Tyto enzymy jsou izolovány infekcí buněk E. coli konkrétním bakteriofágem.
-
Aplikace obou enzymů zahrnují:
- Molekulární klonování - k ligaci požadovaného genu na vektor
- Oprava DNA - k opravě dvouvláknových výklenků
- Replikace DNA in vitro
- Ligázová řetězová reakce
Jaký je rozdíl mezi T4 a T7 DNA ligázou?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
DNA ligáza T4 vs T7 |
|
| T4 DNA Ligázový typ DNA ligázy izolované z bakteriofága T4 a podílí se na ligaci sousedních fragmentů DNA prostřednictvím tvorby fosfodiesterové vazby. | T7 DNA Ligázový typ DNA ligázy izolované z bakteriofága T7 a podílí se na ligaci sousedních fragmentů DNA prostřednictvím tvorby fosfodiesterové vazby. |
| Velikost proteinu | |
| Velikost T4 DNA ligázy je 77 kDa - větší ve srovnání s T7 DNA ligázou. | Velikost T7 DNA ligázy je 41 kDa. |
| Optimální pH | |
| Rozsah pH, který funguje T4 DNA ligáza, je 7,5 - 8,0. | Rozsah pH, který funguje T7 DNA ligáza, je 7,0 - 7,2. |
Shrnutí - DNA ligáza T4 vs T7
DNA ligázy jsou důležitou třídou enzymů zapojených do molekulárního klonování k produkci molekul rekombinantní DNA obsahující požadovaný gen. Ligační reakce je reakce využívající energii a probíhají nové výzkumné studie ke zlepšení přesnosti modulací dostupných ligáz. T4 a T7 DNA ligázy jsou dva typy důležitých enzymů DNA ligázy používaných v technikách molekulární biologie. T7 DNA ligáza je také výsledkem výzkumu, který byl založen na primární ligáze izolované z E. coli infikované T4. T7 je díky své menší velikosti zobrazen s vyšší efektivitou a přesností při provádění své funkce. To je rozdíl mezi T4 a T7 ligázou.
Stáhnout PDF verzi T4 vs T7 DNA Ligase
Můžete si stáhnout verzi tohoto článku ve formátu PDF a použít jej pro offline účely podle citací. Stáhněte si zde PDF verzi. Rozdíl mezi T4 a T7 Ligase.
