Klíčovým rozdílem mezi bakteriálními endospórami a houbovými spórami je buněčná organizace těchto dvou typů spor. Bakteriální endospory jsou spící struktury přítomné v prokaryotických bakteriích. Houbové spory jsou reprodukční struktury přítomné v eukaryotických houbách.
Bakteriální endospory jsou přítomny v bakteriálních buňkách a jsou to spící struktury, které mohou přežít drsné podmínky prostředí. V důsledku toho tyto endospory klíčí, když jsou splněny vhodné podmínky prostředí. Naproti tomu houbové spory jsou exospory, které se uvolňují do exteriéru za účelem sporulace.
