Klíčovým rozdílem mezi motivem a doménou je, že motiv není samostatně stabilní, zatímco doména je nezávisle stabilní.
Proteiny jsou důležité biologické makromolekuly přítomné v našem těle. Na druhé straně bude o aminokyselinové sekvenci proteinu rozhodovat genetický kód genu. Kromě toho mají proteiny primární, sekundární a terciární strukturu. Primární strukturou je aminokyselinová sekvence polypeptidového řetězce. Když se polypeptidové řetězce skládají navzájem, tvoří sekundární strukturu proteinu. Alfa šroubovice, beta listy a super-sekundární struktury patří do sekundárních struktur. Některá seskupení super-sekundárních prvků jsou známá jako proteinové motivy. Terciární struktura proteinu se týká jeho trojrozměrné struktury, která rozhoduje o funkci proteinu. Doména je složená část molekuly proteinu, která je globulární a má diskrétní funkci. Jedná se o základní funkční a trojrozměrnou strukturu proteinu.
