Klíčovým rozdílem mezi pupečníkovou krví a kmenovými buňkami kostní dřeně je to, že kmenové buňky pupečníkové krve jsou hematopoetické buňky, které jsou přítomny v pupečníku novorozence po porodu, zatímco kmenové buňky kostní dřeně jsou kmenové buňky přítomné v kostní dřeni tkáň jednotlivců.
Transplantace kmenových buněk je běžný terapeutický postup, kdy pacient dostane dávku krvetvorných (kmenových) buněk, aby nahradil své vlastní zničené buňky nemocí nebo jinými terapeutickými postupy. Kmenové buňky pupečníkové krve i kmenové buňky kostní dřeně mají terapeutické účely (transplantace). Proto je běžným používáním těchto kmenových buněk nahrazení nezdravých buněk zdravými. Klinicky jsou nejběžnějším zdrojem zdravých buněk buňky pupečníkové šňůry a buňky kostní dřeně.
