Klíčovým rozdílem mezi bakteriocinem a antibiotikem je, že bakteriocin je proteinový toxin produkovaný bakteriemi proti blízce příbuznému bakteriálnímu kmeni, zatímco antibiotikum je antibakteriální látka a sekundární metabolit, který ničí nebo inhibuje růst bakterií.
Antimikrobiální látky mají schopnost zabíjet patogenní mikroorganismy nebo zpomalit jejich růst a reprodukci. Antimikrobiální látky mohou být antibakteriální, protiplísňové nebo antivirové. Antibakteriální látky nebo antibiotika působí proti bakteriím, zatímco antifungální látky proti patogenním houbám. Antivirotika zabíjejí viry. Antibiotika jsou proto typem nejúčinnějších antibakteriálních látek, které lze použít v boji proti bakteriálním infekcím. Bakteriocin je proteinový toxin produkovaný bakteriemi. Působí proti blízce příbuzným bakteriálním kmenům. Jak antibiotikum, tak bakteriocin mají tedy antibakteriální aktivitu.
