Klíčovým rozdílem mezi Klenowovým fragmentem a DNA polymerázou 1 je, že Klenowův fragment je velká část DNA polymerázy 1, která postrádá 5 'až 3' exonukleázovou aktivitu, zatímco DNA polymeráza je enzym E. coli, který má všechny tři domény včetně 5 'až 3 'exonukleázová aktivita.
DNA polymeráza je jedním z klíčových enzymů podílejících se na replikaci DNA v živých organismech. U eukaryot a prokaryot existují různé formy enzymu DNA polymerázy podle velikosti a tvaru. DNA polymeráza 1, 2 a 3 se nacházejí pouze v prokaryotických organismech a hrají při replikaci DNA různé role. DNA polymeráza 1 má tři domény s 5 'až 3' polymerázou, 3 'až 5' exonukleázovou aktivitou a 5 'až 3' exonukleázovou aktivitou. Klenowův fragment je proteolytický produkt DNA polymerázy 1. Má 5 až 3 'polymerázovou a 3' až 5 'exonukleázovou aktivitu intaktní DNA polymerázy 1, ale postrádá 5' až 3 'exonukleázovou aktivitu.
