Klíčovým rozdílem mezi histopatologií a cytologií je to, že histopatologií je studium nemocných tkání pomocí mikroskopu, zatímco cytologií je studium jednotlivých buněk těla.
Buňky jsou základní strukturální jednotky života. Během diagnostiky chorob v medicíně jsou buňky a celé tkáně vyšetřovány patology. Studium tkání ve vztahu k nemoci je známé jako histopatologie. Naproti tomu je studium typu jedné buňky známé jako cytologie. Histopatologie tedy zkoumá tkáně, zatímco cytologie jednotlivé buňky.